比利和搭档丹尼（丹尼·埃洛DannyAiello饰）前往香港，日本在这里找到了高伟洛昔日两名合作伙伴李兴以及何天的女儿何美芳（叶倩文饰），日本希望对方能够提供线索。
与此同时，石川生志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，县发现异得知消息的薰、左之助（青木崇高饰）则匆匆向东京赶去。
深感到自身与志志雄真实（藤原龙也饰）的巨大差距，地震为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。为了救神谷薰（武井咲饰），核电绯村剑心（佐藤健饰）纵身跃入大海，核电昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治饰）所救约翰别无选择，站暂从墨西哥、芝加哥、牙买加各地追凶。
不过，日本他的对手疤面人不但拥有现代化的杀手集团，也是功夫高手。退伍反毒特警约翰返家即遇宿敌以刀、石川生枪、黑巫术对付他全家。
两恶恶斗，县发现异生死相搏，自是本片最高潮之处
他与洁西卡为情势所迫，地震不得不联手共同对付阴险狡诈的对手......。他们用勺子，核电叉子和一把螺丝刀，足足挖了80多米长，并将55吨泥垢藏在监狱中
戴维受命解决危机，站暂他指出恐怖分子的本意是利用毒气炸弹攻击美国本土，所以坚决不能使飞机入境。1995年，日本反恐特别行动组特维斯中校（史蒂文·席格StevenSeagal饰）带队执行一次解救行动，日本不料却以失败告终……三个月后，军情局顾问戴维（库尔特·拉塞尔KurtRussell饰）接到消息：恐怖组织头目阿布亚法被捕并将被引渡到美国。
10天后，石川生一架由雅典飞往华盛顿的747客机被阿布亚法的副手安塔尔劫持，后者要求美国政府释放阿布亚法。县发现异同时参会的特维斯提出了大胆的计划：他要率领反恐特别行动组通过空中对接的方式登上被劫持的747客机……
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